外貌上的影响：
牙颌面畸形患者通常会有外貌异于常人，严重的牙颌面畸形患者通常会比较自卑，不善于与他人沟通。绝大多数牙颌面畸。形患者都是想通过正颌手术来改善自己外貌，包括正侧面，动静态，使自己变得更加自信。
咬合功能与颞下颌关节的影响：
牙颌面畸形患者咀嚼效率比正常人低下，甚至会诱发颞下颌关节紊乱综合征，表现为关节疼痛，弹响，张口受限，髁突吸收等。
发音功能的影响：
严重的牙颌面畸形患者可能会出现发音功能异常，如地包天患者可能发z\c\s等辅音不清晰。
牙齿上的影响：
由于牙齿排列不整齐导致清洁不良，可引起龋病，牙周病。
睡眠上的影响：
下颌后缩的患者容易产生睡觉打鼾，严重者出现窒息(阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征)，可能会导致猝死，增加心脑血管意外，糖尿病，交通意外风险等。
